rpcs3上でautohotkeyが機能しなかったので少し調べてみた所、AutoHotKeyが特定のソフトウェア上で機能しない原因として一番考えられるのが管理者権限の有無らしい。

AutoHotKey not working in some programs – Ask for Help – AutoHotkey Community
AHK doesn’t work inside certain programs – Ask for Help – AutoHotkey Community

ということでpowershellからautohotkeyスクリプトを管理者権限で実行するには以下。

Start-Process -Verb runAs AutoHotkeyU64.exe -argumentlist "C:\pg\autohotkey\tmp.ahk"

Bashなら以下。

powershell.exe 'Start-Process -Verb runAs AutoHotkeyU64.exe -argumentlist "C:\pg\autohotkey\tmp.ahk"'

PowerShell: Running a command as Administrator – Stack Overflow

蛇足ですが、管理者権限実行のautohotkeyでもrpcs3上で動かせませんでした。ぐぬぬ。