Atomテキストエディタで、ファイルをセーブするため、ctrl+Sを押しても、ファイルのタブの、ノーセーブアイコンが消えない。つまり、保存できていない。

こういうことがたまーに起きます。
HTMLかPHPで多い気がしますが。
Rubyで起きたことはないかな…。

まず、テキストファイル全体のテキストを、とりあえずバックアップしときます。
全選択して、新しいタグを開いてそこにペーストしておく。

cat > file.php
してから、ctrl+Dで、ファイルの中身を実質リセットしてから、

再度ファイルをAtomで開き、コピーしたテキストをペーストして保存を試みると…できました。

おそらく、ファイルを削除して同一名称のファイルを作り直すことでもいけるかもしれません。
Railsの某バグみたいに、mv file.php file.php.tmp ; mv file.php.tmp file.phpでもいけるかもしれません。
試してないので分かりませんが、またこのバグに遭遇したときに試してみたいと思います。

対処法：
ファイルを一旦削除して作り直す